清潔二氧化碳培養(yǎng)箱是指去除灰塵、污垢和有機污漬。清潔方法包括刷、吸、干擦、洗滌或用浸泡肥皂水或清潔劑的濕布拖擦。粉塵、污物以及有機物是微生物的棲身之所，并可能影響除污染劑(抗菌劑、化學(xué)殺菌劑以及消毒劑)的作用。

　　培養(yǎng)箱必須先經(jīng)過清潔才能實現(xiàn)消毒和滅菌的目的，許多殺菌劑只對經(jīng)過清潔過的物品才具有殺菌活性。清潔時必須使用與以后使用的消毒劑或殺菌劑化學(xué)性質(zhì)上相容的試劑進(jìn)行清潔、消毒。
　?、偾鍧嵪潴w表面：先拂去表面的灰塵，再用濕的海綿或軟布清洗，再用軟布擦干。如果有污物則用低濃度的清潔劑清洗，然后擦干。
　　②清洗箱體內(nèi)部：選擇合適的消毒劑。所有的物件和表面必須清洗，然后用無菌水沖洗，再擦干或晾干。
　?、矍逑床ＡчT：清洗箱內(nèi)的玻璃門時使用的清潔劑和清洗培養(yǎng)箱內(nèi)部時使用的相同。然后用蒸餾水漂洗，從而清除殘留的清潔劑，用軟布把門擦干。
　　二氧化碳培養(yǎng)箱的消毒和滅菌
　　消毒是指殺死微生物的物理或化學(xué)手段，但不一定殺死其孢子。滅菌是指殺死所有微生物，當(dāng)培養(yǎng)箱內(nèi)細(xì)胞受到污染時則需要采取滅菌措施。一般，在培養(yǎng)箱內(nèi)細(xì)胞沒有污染的情況下平均1-3個月消毒一次。的3種消毒滅菌的方式是：液體消毒劑、紫外和加熱。
　　①液體消毒劑：選擇對培養(yǎng)箱無腐蝕性的液體消毒劑，并且液體消毒劑的消毒效果好壞和很多因素有關(guān)。比如：場所的溫度、接觸時間、pH、穿透能力、有機物的反應(yīng)。這些因素中的一些很小的變化可能會造成去污劑的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情況下，當(dāng)終要求必須無菌時，液體去污劑也不是可信賴的去污方法。
　　②紫外消毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養(yǎng)箱自帶的紫外燈照射一天或者用手提式的紫外燈照射。因被遮擋時或距離遠(yuǎn)時都會削弱紫外滅菌的效果，紫外滅菌方式較為簡單。
　?、奂訜幔簼駸岷透蔁岜徽J(rèn)為是殺菌有效的方法。在一般環(huán)境下，高壓滅菌器加熱到121℃快速產(chǎn)生蒸汽是的方法，但是二氧化碳培養(yǎng)箱無法進(jìn)行高溫高壓滅菌，只能退而求其次進(jìn)行90℃濕熱滅菌，但90℃因為溫度過低，起不到100℃以上水蒸汽所帶來的滲透性和高壓力效果，所以滅菌效果也大打折扣.而干熱140℃-180℃，可以起到滅菌的作用。